Im Februar 2007 kritisierte Mixa die Pläne der ehemaligen Familienministerin Ursula von der Leyen und löste damit eine Kontroverse aus: „Die Familienpolitik von Frau von der Leyen dient nicht in erster Linie dem Kindeswohl oder der Stärkung der Familie sondern ist vorrangig darauf ausgerichtet, junge Frauen als Arbeitskräfte-Reserve für die Industrie zu rekrutieren“, äußerte Mixa in einer Audienz für den Vorstand des Familienbundes der Katholiken seiner Diözese. Die Denkmuster des Familienministeriums erinnere „in beklemmender Weise“ an die „Ideologie der staatlichen Fremdbetreuung von Kindern in der untergegangenen DDR“. Wer mit staatlicher Förderung Mütter dazu verleite, ihre Kinder bereits kurz nach der Geburt in staatliche Obhut zu geben, „degradiere die Frau zur „Gebärmaschine“.“
In seiner Osterpredigt im Jahr 2009 wandte sich Mixa gegen atheistische Tendenzen innerhalb der Gesellschaft und nannte eine gottlose Gesellschaft „die Hölle auf Erden“. Diese These sieht Mixa durch totalitäre Ideologien und Regime wie den Nationalsozialismus und den Kommunismus bestätigt, die die Unmenschlichkeit des praktizierten Atheismus im vergangenen Jahrhundert mit ihren Straflagern, ihrer Geheimpolizei und ihren Massenmorden in grausamer Weise bewiesen hätten.
Der 1941 in Königshütte, Oberschlesien, geborene Walter Mixa war von 1996 bis 2005 Bischof von Eichstätt. 2005 wurde er zum Bischof von Augsburg ernannt. Seit 2000 ist er auch katholischer Militärbischof in Deutschland.